Η νόσος του CROHN, που προσβάλει σε μικρές ηλικίες κυρίως το λεπτό έντερο, πρέπει να αντιμετωπίζεται συντηρητικά και να χειρουργείται όταν δημιουργήσει επιπλοκές όπως συρίγγια, αποστήματα, στενώσεις που η φαρμακευτική αγωγή δεν μπορεί να αντιμετωπίσει. Η χειρουργική επέμβαση είναι όσο περισσότερο περιορισμένη γίνεται, διότι κάθε εκατοστό λεπτού εντέρου είναι απαραίτητο.
Ο ασθενής με ΕΛΚΩΔΗ ΚΟΛΙΤΙΔΑ οδηγείται κάποιες φορές σε χειρουργική επέμβαση που, όταν δεν γίνεται εκτάκτως, είναι η ολική εκτομή του κόλου και του ορθού έως και λίγα εκατοστά από τον πρωκτό και η αναστόμωση γίνεται μέσω ενός σάκου που σχηματίζεται από λεπτό έντερο(νεολύκηθος) με το τελικό τμήμα του ορθού. Η χειρουργική επέμβαση απαιτείται όταν η συντηρητική αγωγή σταματήσει να έχει καλά αποτελέσματα, όταν συμβεί κάποια επικίνδυνη επιπλοκή της νόσου ή όταν η νόσος υπάρχει από πολλά έτη και ο κίνδυνος ανάπτυξης καρκίνου είναι σημαντικός. Το πρόβλημα με τον μεγάλο αριθμό κενώσεων και την εγκράτεια δεν είναι τόσο έντονο διότι διατηρούνται τα τελευταία εκατοστά του ορθού.
Μεγάλη σημασία για την αντιμετώπιση αυτών των παθήσεων έχει η συνεργασία των εξειδικευμένων γαστρεντερολόγων και χειρουργών, ώστε η χειρουργική επέμβαση, όταν απαιτείται, να γίνεται στην καλύτερη χρονική στιγμή και με τις καλύτερες συνθήκες.